No le van a meter OBD a coches de cierta antigüedad, además, aunque quisieran, al Gt hay que desmontarle la tapa que va debajo del volante para meter el OBD, y en la ITV no se puede desmontar nada.
La EGR no se rompe al anularla electrónicamente, cosa que tendrás que hacer para que no te salga ningún error en el cuadro, vamos que no le pasa nada.
Sobre si anularla o no, depende mucho del uso que le vayas a dar, si vas a andar por autopista, autovía, nacional etc, no pasa nada por no anularla, el problema te vendrá en un uso muy urbano.
Yo no la llevo anulada y ningún problema, si que llevo una chapita con agujeros, original de la casa, y de vez en cuando la saco y le pego una limpieza..
En cualquiera de los casos, sacarla, limpiarla y volver a montarla me llevó a mi la primera vez que lo hice unos 45 minutos, con práctica en menos de media hora lo haces sin problema, son cuatro tornillos.