Exactamente así lo veo yo también, de hecho el agua cuando se mueve deja surcos, o bien limpios al retirar la suciedad o bien dejándola a los lados de su recorrido porque la va arrastrando, y en la zona interna del perímetro de la goma, no se ve ningún surco, está todo muy limpio, y tampoco tendría mucho sentido que los canales de desagüe estén dentro en ese perímetro, sino en el externo, como bie dice @Msimon, al poner el ejemplo de las puertas, hay una goma que forma un perímetro, que precisamente es para que el agua se quede fuera de ese perímetro, cuando se abren las puertas al lavar el coche dentro del perímetro de la goma no hay restos de agua, fuera si.No se muy bien como señalas pero el desagüe no es por la parte interior. El cuadrado es la junta(igual que las puertas), y el desagüe lo tienes que tener en las zonas sucias. Donde ves mas polvo.
De cualquier forma, como había dicho antes voy a mirar ahora mismo en las instrucciones de montaje, a ver si encuentro algo que pueda despejar esta duda.